Seiring dengan Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Kementerian Pendidikan Nasional No. 131/DIKTI/Kep/1993 tertanggal 20 April 1993, maka berdirilah Program Studi Teknik Informatika yang bernaung di bawah Fakultas Teknologi Industri Universitas Atma Jaya Yogyakarta (FTI UAJY). Senada dengan hal itu, guna menjalankan fungsi tri darma perguruan tinggi, maka perlu di bentuk lembaga mahasiswa yang bergerak dalam lingkup program Studi Teknik Informatika FTI UAJY, yaitu Himpunan Mahasiswa Teknik Informatika (HIMAFORKA). Kemudian pada tanggal 23 November 1994 dibentuklah kepengurusan HIMAFORKA. Tanggal tersebut merupakan perkiraan pelantikan kepengurusan HIMAFORKA yang pertama kali sehingga ditetapkan sebagai hari lahirnya HIMAFORKA. HIMAFORKA merupakan lembaga mahasiswa ketiga dari 3 saudara lembaga yang lainnya di FTI; Himpunan Mahasiswa Teknik Industri (HMTI, 1991), Senat Mahasiswa (Sema, 1993), dan Himpunan Mahasiswa Sistem Informasi (Himsi, 2017).

Karena instruksi pemerintah tentang larangan kegiatan-kegiatan kemahasiswaan yang disinyalir ikut campur dalam kegiatan politik yang mengarah pada provokasi, maka HIMAFORKA sempat vakum selama 2 tahun. Pada tahun 1997 HIMAFORKA kembali bangkit dengan formasi dan semangat yang baru. Pada kepengurusan tahun 1998-1999, HIMAFORKA dipimpin oleh Bapak Y. Sigit Purnomo, S.T., M.Kom. yang kini menjabat sebagai dosen tetap di Teknik Informatika UAJY.

Pada tahun 2001, Bidang Sumber Daya Manusia mulai membentuk unit kegiatan yang bernaung di bawahnya dalam formasi kelompok studi. Unit kegiatan yang dimaksud adalah Kelompok Studi Pemrograman (KSP), Kelompok Studi Linux (KSL), dan Kelompok Studi Animasi (KSA) yang sekarang diganti dengan Kelompok Studi Desain Grafis (KSDG). Pembentukan semua kelompok studi tersebut merupakan upaya HIMAFORKA dalam membenahi program kerja agar peran sertanya semakin nyata dalam membantu mahasiswa Teknik Informatika dalam bidang akademis dan perkuliahan. Seiring berjalannya waktu, ketiga kelompok studi ini berpindah tangan ke Bidang Akademik dan Prestasi.

Waktu terus berjalan dan kepengurusan HIMAFORKA terus berganti. Pada akhir kepengurusan tahun 2009, KSA bubar. Kemudian pada pertengahan 2010 ada sekelompok mahasiswa yang kreatif membentuk Kelompok Studi Desain Grafis (KSDG) dan meleburkan diri dalam HIMAFORKA. Pada bulan September 2011, KSDG memutuskan untuk vakum sementara waktu. Hingga saat ini, HIMAFORKA masih menjadi lembaga mahasiswa resmi yang ideal untuk mahasiswa Teknik Informatika UAJY.

Sejak 29 Januari 2020, nama program studi Teknik Informatika secara resmi berubah menjadi Informatika, berdasarkan Surat Keputusan Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi Nomor 876/KPT/I/2019 tanggal 27 September 2019.